پس از خروج از ایروان، شاه عباس دستور داد سپاهیانش عقبنشینی کنند و تمامی شهرها و روستاهای سر راهشان را تا مرزهای ایران ویران سازند تا به این ترتیب مانع از تعقیب سریع سپاهیان عثمانی شوند. آنها به هر شهر و روستایی که میرسیدند خانهها را ویران میکردند، مزارع را آتش میزدند، دامها را هلاک میساختند و ساکنان آنجا را وادار به ترک خانههایشان میکردند و آنان را کوچ میدادند. هر کس در مقابلشان ایستادگی میکرد و حاضر به رفتن نمیشد یا اینکه توان رفتن نداشت محکوم به مرگ بود. بدین ترتیب، سپاهیان شاه عباس اکثر شهرها و روستاهای ارمنینشین واقع در دشت آرارات را ویران کردند و سکنهٔ آن مناطق را به مقصد ایران با خود همراه ساختند. هنگامی که این جمیعت به واغارشاپات رسیدند به شاه عباس خبر رسید که دستهای از سپاهیان عثمانی در حال نزدیک شدن به آنان هستند. شاه عباس که میدانست با این جمیعت انبوه از مردم بی دفاع نخواهد توانست در برابر این سپاهیان بایستد و بجنگد به سرداران لشکرش دستور داد که دستههای مردم را با سرعت بیشتری حرکت دهند؛ بنابراین، آن تعداد از جمیعت که قادر به حرکت نبودند، از جمله پیران و بیماران و کودکان، ناگزیر ماندند و پر واضح است که به چه سرنوشتی گرفتار آمدند. بالأخره، شاه عباس به همراه جمعیت مهاجر ارمنی به جلفا رسید. اکنون باید از رودخانهٔ ارس عبور میکردند. دوباره به شاه عباس خبر دادند که سپاه عثمانی به نخجوان رسیدهاست. با شنیدن این خبر شاه عباس که میدانست فرصت زیادی ندارد به سپاهیان خود دستور داد تا مردم را وادار به عبور هر چه سریع تر از رودخانه کنند. رودخانه خروشان بود و خطرناک و مردم یا باید عبور میکردند یا در آنجا منتظر رسیدن قشون عثمانی میماندند که در آن صورت مرگشان حتمی بود. به ناچار عبور از رودخانه را انتخاب کردند.[۱]
از حدود سیصد و پنجاه هزار تن از ارمنیان به تعداد سیصد هزار تن از آنان در رودخانه غرق شدند. اگر چه شاه عباس بخش اعظمی از ساکنان ارمنی شهرها و روستاهای ارمنستان را به ایران کوچ داد، اما این بدان معنا نبود که این سرزمینها خالی از سکنه شدند. هنوز بسیاری از ارمنیان در شهرها و روستاهای این نواحی سکونت داشتند که از آن پس تا نیمه اول سده نوزدهم زندگی آنها کم و بیش دستخوش حوادث و تهاجمهای ناگوار است.
ارمنیان پس از استقرار در جلفای اصفهان، درصدد ایجاد تأسیسات اجتماعی و بناهای مذهبی خود برآمدند و با سرمایههای نقدی و خودیاری مردم نخست به ساختن کلیسای وانک، نظیر همان کلیسایی که در جوغا داشتند و با همان نام همت گماشتند. همزمان با ساختن وانک، کلیسای کوچکی نیز در بخش جنوب غربی آن ساختند. این کلیسا مدت پنجاه سال مورد استفاده روحانیون قرار گرفت. در سال ۱۶۵۵ میلادی در محل کلیسای مزبور شروع به ساختن کلیسای فعلی کردند و در سال ۱۶۶۴ میلادی آن را به پایان رساندند. بر سردر ورودی وانک، طرح کلیسا بر روی سنگ حجاری شده و کتیبهای به این شرح به چشم میخورد:
«وانک آمنا پرگیچ و مقر اسقف اعظم ارمنیان ۱۶۰۶ میلادی»
پس از اتمام بنای کلیسا، کتیبهای با کاشی لاجوردی و به خط طلایی بر سردر ورودی غربی کلیسا نصب کردند که حاوی تاریخ آغاز و اتمام بنای کلیسا میباشد. در کتیبه مزبور چنین نوشته شدهاست:
کلیسای وانک آمنا پرگیچ در سال ۱۶۵۵ میلادی در زمان پادشاهی شاه عباس دوم و جاثلیقی «فیلیپوس» و پیشوائی خلیفه «داوید» و به یاری مردم خیر جلفا شروع شد و در سال ۱۶۶۴ میلادی به پایان رسید. ثواب عباداتی که در این کلیسا انجام میشود نصیب آنهایی که در قید حیاتند یا در گذشت
